在初步咨詢與評估後，針灸師會將針灸針刺入特定的位置。下針後，可能會有短暫刺痛的感覺，不過許多病人都表示進針時大部分都沒有感覺。在針灸某些穴道時，病人可能會短暫的感受到較高的疼痛程度，此屬正常現象。之後針灸師可能會操作不同的針刺手法，有些會可能會將熱力甚或電流與針灸結合應用。

根據不同的療程與針灸師，進針的深度也會有所不同；但絕對不會將針深刺至內臟器官。下針後，一般會留針5至20分鐘再出針，通常不會超過60分鐘。在針灸治療後，針灸師通常會再次評估病人，並給予病人居家照護的建議。通常也會建議病人搭配中藥，以促進能量平衡。急性的症狀可能只需要兩到四週的療程，而慢性病則經常會需要多達12次或更多次的治療，通常會耗時八到十週。一般還會建議病人每個月定期回診，作為減少壓力、增加能量或提高免疫力的預防措施。